На данный момент АНО «ИНСТИТУТ АРХЕОЛОГИИ СЕВЕРА» подписаны соглашения о сотрудничестве с:

• Институтом истории материальной культуры РАН (ИИМК РАН),
• Институтом Археологии и Этнографии Сибирского отделения РАН (ИАЭТ СО РАН),
• Институтом Археологии РАН (ИА РАН),
• Национальным парком «Русская Арктика»,
• Сибирским федеральным университетом,
• Центром охраны культурного наследия Ханты-Мансийского автономного округа-Югры,
• Музеем Природы и Человека г. Ханты-Мансийск,
• Сургутским государственным университетом,
• Институтом истории и археологии УрО РАН г. Екатеринбург,
• Историко-культурным и ландшафтным музеем-заповедником «Пустозерск» г. Нарьян-Мар,
• Институтом истории первобытного общества и ранней истории Факультета искусств и гуманитарных наук им. Кристиана Альбрехта г. Киль.